La quimotripsina (en este modelo, quimotripsina alfa en forma de dímero) es una enzima proteolítica que escinde enlaces peptídicos. Esta enzima hidroliza selectivamente enlaces peptídicos en cuyo lado carboxilo interviene un aminoácido con cadena lateral aromática. Esto se debe a que cerca del centro activo de la enzima hay un "bolsillo hidrófobo". La proteína también contiene un gran número de residuos catiónicos.